水生态恢复自净的关键问题是恢复水体生态平衡，沉水植物是浅水水体生态修复的关键与核心
恢复并维持健康良好的河湖生态系统，实现水域生态系统中生产者（水生植物）、消费者（鱼类等）、分解者（微生物）的生态平衡配置。
经典生物调控理论——增加肉食性鱼类控制食浮游动物的鱼类，促进浮游动物，特别是大型枝角类（Daphnia）的数量，从而控制浮游动物、提供水体透明度，从而为大型水生植物，特别是沉水植物的恢复创造条件。
浅水湖泊稳态转换理论——恢复沉水植物群落，恢复或者构建一个完整的水生态系统是实现水生态平衡和净化水质的有效途径。